Οι τρεις εικόνες του τέμπλου είναι άξιες λόγου, ενώ προσφέρονται σήμερα από πιστούς καινούριες εικόνες, οι οποίες κατά βάση αναρτώνται στον νάρθηκα, διότι στον κυρίως ναό δεν μπορούν να τοποθετηθούν επειδή υπάρχουν οι τοιχογραφίες. Η εικόνα στο προσκυνητάρι, «Ρόδο το Αμάραντον» μόνο είναι του 16ου αιώνα.
Η Εικόνα της Παναγίας είναι αντίγραφο της παλιάς εικόνας, η οποία φυλάσσεται στο Εκκλησιαστικό Μουσείο Μυτιλήνης. Το αντίγραφο φιλοτεχνήθηκε σε μνημόσυνο του Πολιχνιάτη μοναχού Πορφύριου, το 1969. Το πρωτότυπο παριστάνει την Παναγία, ως Οδηγήτρια με το Χριστό στην αριστερή αγκάλη της και χρονολογείται στο τέλος του 17ου αιώνα.
Η Εικόνα του Χριστού που βρίσκεται στο τέμπλο δεν είναι ούτε αυτή η αρχική εικόνα του καθολικού. Πρόκειται για μια παλιά εικόνα (1775) του Παντοκράτορα, η οποία πριν από λίγες δεκαετίες συντηρήθηκε στα εργαστήρια της εφορίας Βυζαντινών Αρχαιοτήτων. Η αρχική εικόνα του Χριστού μεταφέρθηκε την περίοδο που το μοναστήρι ήταν κλειστό, από τον Μητροπολίτη Ιάκωβο Νικολάου, στο Ναό της Κοίμησης της Παναγίας στην Αγιάσο -επειδή η εκεί εικόνα είχε καταστραφεί από πυρκαγιά- όπου και φιλοξενείται στο τέμπλο.
Τέλος η εικόνα του Τιμίου Προδρόμου είναι έργο των αρχών του 18ου αιώνα και εικονίζει τον Πρόδρομο με φτερά αγγέλου και ειλητάριο στο αριστερό χέρι. Πρόκειται για την κανονική εικόνα του Μοναστηριού. Ίδια παράσταση του Προδρόμου συναντάμε και στις τοιχογραφίες.
